Thông tin gây bất ngờ nhất với giới đầu tư cũng như một số cổ đông của Cảng Sài Gòn là vốn chủ sở hữu của công ty tại thời điểm 31/12/2015 chỉ còn vọn vẻn 1.300 tỷ đồng (bao gồm lợi ích cổ đông thiểu số), thấp hơn 800 tỷ so với vốn điều lệ 2.163 tỷ đồng và giảm 1.000 tỷ so với ngày 31/10/2015, thời điểm chính thức chuyển từ mô hình công ty TNHH sang công ty cổ phần.